Un árbol filogenético es un diagrama ramificado que representa una hipótesis sobre las relaciones entre especies, genes, poblaciones u otros taxones. Las hojas identifican los taxones muestreados y el patrón de ramificación es la topología. Los nodos internos representan ancestros comunes solo si el árbol está biológicamente enraizado.
Un filograma codifica cambio evolutivo u otra distancia en la longitud de sus ramas. Un cladograma solo muestra el orden de ramificación, por lo que sus longitudes no tienen significado cuantitativo. Newick y FASTA alineado pueden conservar o calcular longitudes; una lista de especies genera un cladograma visual.
Usa el modo que corresponda a tu evidencia. Un árbol Newick existente está listo para visualizarse; las secuencias homólogas alineadas permiten un resultado UPGMA básico. Una lista simple sirve para docencia o bocetos, no para inferencia molecular.
Taxones
Especies, genes, cepas o poblaciones situados en las hojas terminales.
Nodos
Puntos de ramificación que representan ancestros comunes hipotéticos.
Topología
Orden de ramificación que determina grupos hermanos y clados.
Longitudes de rama
Valores opcionales que pueden representar sustituciones, distancia genética o tiempo.







