Newick文字列、種リスト、またはアラインメント済みFASTAを入力してください。系統樹ジェネレーターが長方形の樹形図を作成し、論文、発表、授業用にSVGまたはPNGで書き出せます。
ライブ系統樹ジェネレーター
IQ-TREE、MEGA、RAxML、MrBayesなどから出力した系統樹を描画します。
系統樹の生成とFASTA距離計算はブラウザ内で実行されます。SVGをStudioで開く場合にのみデータがアップロードされます。
Newick
Newickモードは入力されたトポロジーと枝長を表示します。左端は表示上の根です。上流の解析で生物学的に根付けされた系統樹であることを確認してから祖先関係を解釈してください。
系統樹の基礎
系統樹は、種、遺伝子、集団などの分類群の関係についての仮説を示す分岐図です。末端のラベルは標本となる分類群を、分岐パターンはトポロジーを表します。内部ノードを共通祖先として扱えるのは、生物学的に根付けされた系統樹の場合です。
系統図では枝長が進化的変化や距離を表します。一方、クラドグラムは分岐順序だけを示し、線の長さに定量的な意味はありません。Newickとアラインメント済みFASTAでは枝長を保持または計算でき、種リストでは視覚的なクラドグラムを作成します。
証拠に合うモードを選んでください。既存のNewickは可視化に、アラインメント済み相同配列は基本的なUPGMA計算に使えます。単純なリストは教材やレイアウト案向けで、分子系統推定ではありません。
末端の葉に表示される種、遺伝子、株、集団です。
仮説上の共通祖先を示す分岐点です。
姉妹群やクレードを決める分岐順序です。
置換数、遺伝距離、時間などを表す任意の値です。
霊長類、RNAウイルス、陸上植物、細菌16Sデータの例です。枝長と内部ノードの数値は説明用であり、特定の研究結果ではありません。
実際の系統樹作成に対応
既存解析の可視化、教材用クラドグラムの作成、小規模なアラインメント済み配列の確認に使えます。
IQ-TREE、MEGA、RAxML、MrBayesなどから出力したNewickを貼り付け、編集可能なベクター図にします。
1行に1分類群を入力し、配布資料、課題、発表案向けの均衡したトポロジーを作ります。
小さなFASTAデータを貼り付け、正式な推定に進む前に透明性の高いUPGMA系統樹を計算します。
3種類の入力を1つの画面で
入力検証、ライブ表示、再利用可能なエクスポートをブラウザ内の1つの流れにまとめます。
見栄えのよい図が妥当な進化推定とは限りません。各モードで可視化、距離計算、教材専用クラドグラムの違いを示します。
Newickだけでは、生物学的に根付けされた系統樹と任意の表示根を持つ無根系統樹を区別できない場合があります。祖先を解釈する前に元の解析で根を確認してください。
未補正p距離とUPGMAはおおむね一定の速度を仮定し、超距離系統樹を返します。複雑なデータには最尤法やベイズ推定が必要な場合があります。
ラベルを均衡クラドグラムに配置しますが、その順序が生物学的証拠から推定されたとは主張しません。
手法の参考資料
Newickはトポロジー、ラベル、任意の枝長を保存しますが、生物学的な根付けを証明するものではありません。UPGMAは超距離系統樹を作り、進化速度がほぼ等しいと仮定します。
PHYLIPのNewick仕様は、括弧、名前、枝長による系統樹の符号化を説明しています。祖先方向を解釈する前に、ファイルを作った解析で根を確認してください。
PHYLIPのNewick仕様を読むNCBIの手法章は距離に基づく系統樹構築とUPGMAの一定速度仮定を説明しています。仮定がデータに合わない場合は、モデル選択と正式な推定を行ってください。
NCBIの系統解析手法章を読む実装と手法注記はPaperBananaが管理し、2026年9月2日に範囲を更新しました。特定の研究者による査読はうたっていません。入力、手法、生物学的解釈は利用者が確認してください。
研究者に選ばれる理由
重要な科学的判断を隠さず、繰り返しの図整形を減らします。
デスクトップソフトを設定せず、ページを開いて入力を貼り付け、結果を確認できます。
SVG、PNG、Newickを直接保存できます。Studioで編集を続ける場合のみログインします。
解析と基本的なFASTA距離計算は、Studioを開くまで端末内に留まります。
ベクター図を編集し、Newickを後続の系統解析ツールに引き継げます。
入力や表示設定に応じて更新され、解析エラーには具体的な案内が表示されます。
可視化、基本計算、説明用クラドグラムの違いをモードごとに示します。
4ステップの流れ
証拠に合うモードを選び、プレビューを検証し、次の工程に必要な形式を書き出します。
推定済み系統樹にはNewick、教材にはリスト、UPGMAには同じ長さのアラインメント済み配列を使います。
ラベルと構造が検証されます。FASTAヘッダーは > で始め、全配列を同じ長さにアラインメントしてください。
姉妹群、葉ラベル、枝長、文字サイズを確認します。誤ったトポロジーを上書きせず、元データを修正してください。
ベクター編集にはSVG、スライドにはPNG、後続解析や注釈にはNewickを使います。
研究ワークフローを続ける
関連図の作成、研究の要約、ポスター準備、Studioでの系統樹の仕上げに使えます。
よくある質問
完全なNewick文字列をNewickモードに貼り付け、ライブ表示を確認します。入れ子のトポロジー、分類群と内部ノードのラベル、コロン後の数値枝長が保持されます。SVGやPNGで出力するか、Newickを保存して別の系統解析ツールで注釈を続けられます。
同じ長さにアラインメントした少数の相同DNA、RNA、タンパク質配列にはFASTAモードを使います。ブラウザで未補正のペア距離を計算し、UPGMA系統樹を作ります。これは迅速な距離確認であり、アラインメント検証、モデル選択、最尤推定の代わりではありません。
種リストモードで1行に1つの重複しない種、遺伝子、分類群を入力します。授業、配布資料、初期レイアウト向けの均衡クラドグラムに配置されます。分子・形態形質が入力されないため、実際の進化関係を推定するモードではありません。
系統樹は枝長に進化的変化や時間を符号化できますが、クラドグラムは分岐順序のみを示します。同じトポロジーを表すことはできますが、クラドグラムの線の長さに定量的な意味はありません。距離や分岐時期を読む前に、尺度と手法の説明を確認してください。
論文、学位論文、デザインソフトで編集するベクター図にはSVGを選びます。スライド、文書、手軽な共有にはPNGが向いています。別の系統解析・注釈ツールでトポロジー、ラベル、枝長を再利用する場合はNewickをダウンロードしてください。
アカウントや透かしなしで系統樹を生成し、SVG、PNG、Newickをダウンロードできます。生成したSVGをPaperBanana Studioへ送り、クラウド保存や追加編集を行う場合のみログインが必要です。ローカル解析と直接出力はツールページで利用できます。
Newick解析、種リスト配置、ペア距離計算、UPGMAは基本生成時にブラウザ内で実行されます。プレビューや直接ダウンロードのために入力を送信しません。StudioでSVGを開くなど、クラウド機能を明示的に選んだ場合にのみデータが送られます。
おおむね一定の進化速度というUPGMAの仮定がデータに合い、手法を明確に報告できる場合に限られます。論文ではアラインメント品質、距離補正、分類群サンプリング、枝支持、モデル仮定を検証してください。複雑な進化史には最尤法やベイズ推定が適切なことが多くあります。
