粘贴 Newick 字符串、输入物种列表，或添加已对齐的 FASTA。系统发育树生成器会生成矩形树图，可导出为 SVG 或 PNG，用于论文、演示和课程作业。
实时系统发育树生成器
渲染从 IQ-TREE、MEGA、RAxML、MrBayes 或其他系统发育流程导出的树。
树生成和 FASTA 距离计算在浏览器本地运行。只有选择在 Studio 中打开 SVG 时才会上传数据。
Newick
Newick 模式显示你提供的拓扑和分支长度。左侧是显示根；仅当上游分析已生成生物学有根树时，才可解读祖先方向。
系统发育树基础
系统发育树是表示物种、基因、种群或其他分类单元间关系假设的分支图。叶节点标签标识样本分类单元，分支方式构成拓扑。只有对树进行了生物学定根后，内部节点才表示共同祖先。
系统发育图用分支长度编码进化变化或其他距离度量；分支图只显示分支顺序，线段长度没有定量意义。本生成器同时支持两者：Newick 和对齐 FASTA 可保留或计算长度，物种列表模式则创建可视化分支图。
请选择与证据匹配的模式。现有 Newick 树可直接用于可视化；对齐的同源序列可生成基础 UPGMA 结果；纯列表适合教学或布局草图，但不是分子推断。
显示在末端叶节点的物种、基因、菌株或种群。
表示假定共同祖先的分支点。
决定哪些分类单元形成姊妹群和分支群的分支顺序。
可选数值，可表示替换数、遗传距离或时间。
示例覆盖灵长类、RNA 病毒、陆生植物和细菌 16S 数据。其分支长度和内部节点标签仅用于演示，不是某项引用研究的结果。
面向真实建树任务
可用于现有分析、课堂分支图，或小型对齐序列集的快速检查。
粘贴从 IQ-TREE、MEGA、RAxML、MrBayes 或其他流程导出的 Newick，将其转为可编辑的矢量图。
每行输入一个分类单元，为课堂讲义、作业或演示草图生成平衡拓扑。
粘贴小型已对齐 FASTA 数据集，计算透明的 UPGMA 树，再进入正式推断流程。
三种输入，一个树工作区
在同一浏览器流程中完成输入验证、实时检查和可移植导出。
精美的图表不代表有效的进化推断。本工具会标明每种工作流，帮助区分可视化、基于距离的计算和仅用于教学的分支图。
Newick 不一定能区分生物学有根树与使用任意显示根写出的无根树。解读祖先前，请在上游分析中确认定根。
它使用未校正 p-distance 和 UPGMA。该方法假设速率近似恒定并返回超度量树；复杂数据可能需要最大似然或贝叶斯推断。
它将标签排列成平衡分支图，不声称列表顺序来自生物学证据推断。
方法参考
Newick 保存树拓扑、标签和可选分支长度，但该表示法本身不能证明树已经进行生物学定根。UPGMA 构建超度量距离树，并假设进化速率近似相等。生成器会在每种输入模式旁说明这些限制。
PHYLIP Newick 规范解释了嵌套括号、名称和分支长度如何编码树。解读祖先方向前，请在产生文件的分析中确认根。
阅读 PHYLIP Newick 规范NCBI 方法章节介绍了基于距离的建树方法以及 UPGMA 的恒定速率假设。如果数据不符合该假设，请使用正式的模型选择和推断流程。
阅读 NCBI 系统发育方法章节PaperBanana 团队维护实现和方法说明。范围于 2026 年 9 月 2 日更新。本页不声称已经具名学术审阅；研究者需要自行核对输入、方法和生物学解读。
研究者选择它的原因
减少重复排版工作，同时保留需要明确说明的科学选择。
打开页面、粘贴输入即可检查结果，无需配置桌面软件。
直接下载 SVG、PNG 和可复用 Newick。只有继续在 Studio 中编辑时才需要登录。
解析和基础 FASTA 距离计算保留在设备上，直到你明确打开 Studio 项目。
在图形编辑器中使用矢量图，并保留 Newick 供下游系统发育工具使用。
修改输入或显示设置时树会立即更新，解析失败时会给出具体提示。
不同模式的说明会标明结果属于可视化、基础计算还是示意分支图。
四步工作流
用四步使用生成器：选择与证据匹配的模式，验证预览，再导出下一步所需格式。
已推断树使用 Newick，教学分支图使用列表，UPGMA 使用等长对齐序列。
解析器会检查标签和结构。FASTA 标题以 > 开头，所有序列必须具有相同的对齐长度。
检查姊妹群、叶标签、分支长度和字号。应修正源数据，而不是在错误拓扑上直接覆画。
SVG 适合矢量编辑，PNG 适合幻灯片，Newick 适合在其他分析或注释工具中继续处理。
继续科研工作流
创建周边图表、概括研究、准备海报，或在 Studio 中继续修整导出的树。
系统发育树生成器常见问题
在 Newick 模式中粘贴完整字符串，然后检查实时树图。解析器会保留嵌套拓扑、分类单元标签、内部标签和冒号后的数值分支长度。可导出 SVG 或 PNG，也可下载 Newick 到其他系统发育工具中继续注释。
已对齐 FASTA 模式适用于长度相同的小型同源 DNA、RNA 或蛋白质序列集。浏览器会计算未校正成对距离并构建 UPGMA 树。该结果适合快速的距离检查，不能取代比对质量控制、模型选择或最大似然推断。
在物种列表模式中，每行输入一个不重复的物种、基因或分类单元。生成器会将标签排列成平衡分支图，适合课堂、讲义和布局草图。由于输入中没有分子或性状证据，该模式不会推断真实进化关系。
系统发育树的分支长度可编码进化变化或时间，而分支图只传达分支顺序。两者可以显示相同拓扑，但分支图中看似等长的分支没有定量意义。解读距离或分歧时间前，请检查标尺和方法说明。
需要在期刊、论文或图形设计软件中继续编辑时，请导出 SVG 矢量图。PNG 适合幻灯片、文档和快速分享。当其他系统发育或注释工具需要拓扑、标签和分支长度时，请下载 Newick。
核心生成以及 SVG、PNG 和 Newick 下载无需账号，也不加水印。只有将生成的 SVG 发送到 PaperBanana Studio 以便云端保存项目和继续编辑时才需要登录。本地解析和直接文件导出始终可用。
在核心生成过程中，Newick 解析、物种列表布局、成对距离计算和 UPGMA 都在浏览器本地运行。预览或直接下载不会上传这些输入。只有明确选择在 Studio 中打开 SVG 等云端功能时才会发送数据。
只有当数据符合 UPGMA 的近似恒定速率假设，并且论文对方法做了透明报告时，才适合使用。对发表结论，请验证比对质量、距离校正、分类单元取样、分支支持度和模型假设。对复杂进化历史，最大似然或贝叶斯推断通常更合适。
