貼上 Newick 字串、輸入物種清單，或加入已比對的 FASTA。系統發育樹生成器會建立矩形樹圖，可匯出為 SVG 或 PNG，用於論文、簡報和課程作業。
實時系統發育樹生成器
渲染從 IQ-TREE、MEGA、RAxML、MrBayes 或其他系統發育流程匯出的樹。
樹生成和 FASTA 距離計算在瀏覽器本地運行。只有選擇在 Studio 中打開 SVG 時才會上傳資料。
Newick
Newick 模式顯示你提供的拓撲和分支長度。左側是顯示根；僅當上遊分析已生成生物學有根樹時，才可解讀祖先方向。
系統發育樹基礎
系統發育樹是表示物種、基因、種群或其他分類單元間關係假設的分支圖。葉節點標籤標識樣本分類單元，分支方式構成拓撲。只有對樹進行了生物學定根後，內部節點才表示共同祖先。
系統發育圖用分支長度編碼進化變化或其他距離度量；分支圖只顯示分支順序，線段長度沒有定量意義。本生成器同時支持兩者：Newick 和對齊 FASTA 可保留或計算長度，物種清單模式則創建可視化分支圖。
請選擇與證據匹配的模式。現有 Newick 樹可直接用於可視化；對齊的同源序列可生成基礎 UPGMA 結果；純列表適合教學或佈局草圖，但不是分子推斷。
顯示在末端葉節點的物種、基因、菌株或種群。
表示假定共同祖先的分支點。
決定哪些分類單元形成姊妹群和分支群的分支順序。
可選數值，可表示替換數、遺傳距離或時間。
示例覆蓋靈長類、RNA 病毒、陸生植物和細菌 16S 資料。其分支長度和內部節點標籤僅用於演示，不是某項引用研究的結果。
面向真實建樹任務
可用於現有分析、課堂分支圖，或小型對齊序列集的快速檢查。
粘貼從 IQ-TREE、MEGA、RAxML、MrBayes 或其他流程匯出的 Newick，將其轉為可編輯的向量圖。
每行輸入一個分類單元，為課堂講義、作業或演示草圖生成平衡拓撲。
粘貼小型已比對 FASTA 資料集，計算透明的 UPGMA 樹，再進入正式推斷流程。
三種輸入，一個樹工作區
在同一瀏覽器流程中完成輸入驗證、實時檢查和可移植匯出。
精美的圖表不代表有效的進化推斷。本工具會標明每種工作流，幫助區分可視化、基於距離的計算和僅用於教學的分支圖。
Newick 不一定能區分生物學有根樹與使用任意顯示根寫出的無根樹。解讀祖先前，請在上游分析中確認定根。
它使用未校正 p-distance 和 UPGMA。該方法假設速率近似恆定並返回超度量樹；複雜資料可能需要最大似然或貝葉斯推斷。
它將標籤排列成平衡分支圖，不聲稱列表順序來自生物學證據推斷。
方法參考
Newick 保存樹拓撲、標籤和可選分支長度，但該表示法本身不能證明樹已經進行生物學定根。UPGMA 構建超度量距離樹，並假設進化速率近似相等。生成器會在每種輸入模式旁說明這些限制。
PHYLIP Newick 規範解釋了嵌套括號、名稱和分支長度如何編碼樹。解讀祖先方向前，請在產生檔案的分析中確認根。
閱讀 PHYLIP Newick 規範NCBI 方法章節介紹了基於距離的建樹方法以及 UPGMA 的恆定速率假設。如果資料不符合該假設，請使用正式的模型選擇和推斷流程。
閱讀 NCBI 系統發育方法章節PaperBanana 團隊維護實現和方法說明。範圍於 2026 年 9 月 2 日更新。本頁不聲稱已經具名學術審閱；研究者需要自行核對輸入、方法和生物學解讀。
研究者選擇它的原因
減少重複排版工作，同時保留需要明確說明的科學選擇。
打開頁面、粘貼輸入即可檢查結果，無需配置桌面軟件。
直接下載 SVG、PNG 和可複用 Newick。只有繼續在 Studio 中編輯時才需要登錄。
解析和基礎 FASTA 距離計算保留在設備上，直到你明確打開 Studio 項目。
在圖形編輯器中使用向量圖，並保留 Newick 供下游系統發育工具使用。
修改輸入或顯示設置時樹會立即更新，解析失敗時會給出具體提示。
不同模式的說明會標明結果屬於可視化、基礎計算還是示意分支圖。
四步工作流
用四步使用生成器：選擇與證據匹配的模式，驗證預覽，再匯出下一步所需格式。
已推斷樹使用 Newick，教學分支圖使用列表，UPGMA 使用等長對齊序列。
解析器會檢查標籤和結構。FASTA 標題以 > 開頭，所有序列必須具有相同的對齊長度。
檢查姊妹群、葉標籤、分支長度和字號。應修正源資料，而不是在錯誤拓撲上直接覆畫。
SVG 適合向量編輯，PNG 適合投影片，Newick 適合在其他分析或註釋工具中繼續處理。
繼續科研工作流
創建周邊圖表、概括研究、準備海報，或在 Studio 中繼續修整匯出的樹。
系統發育樹生成器常見問題
在 Newick 模式中粘貼完整字符串，然後檢查實時樹圖。解析器會保留嵌套拓撲、分類單元標籤、內部標籤和冒號後的數值分支長度。可匯出 SVG 或 PNG，也可下載 Newick 到其他系統發育工具中繼續註釋。
已比對 FASTA 模式適用於長度相同的小型同源 DNA、RNA 或蛋白質序列集。瀏覽器會計算未校正成對距離並構建 UPGMA 樹。該結果適合快速的距離檢查，不能取代比對質量控制、模型選擇或最大似然推斷。
在物種清單模式中，每行輸入一個不重複的物種、基因或分類單元。生成器會將標籤排列成平衡分支圖，適合課堂、講義和佈局草圖。由於輸入中沒有分子或性狀證據，該模式不會推斷真實進化關係。
系統發育樹的分支長度可編碼進化變化或時間，而分支圖只傳達分支順序。兩者可以顯示相同拓撲，但分支圖中看似等長的分支沒有定量意義。解讀距離或分歧時間前，請檢查標尺和方法說明。
需要在期刊、論文或圖形設計軟件中繼續編輯時，請匯出 SVG 向量圖。PNG 適合投影片、文檔和快速分享。當其他系統發育或註釋工具需要拓撲、標籤和分支長度時，請下載 Newick。
核心生成以及 SVG、PNG 和 Newick 下載無需帳號，也不加水印。只有將生成的 SVG 發送到 PaperBanana Studio 以便雲端保存項目和繼續編輯時才需要登錄。本地解析和直接檔案匯出始終可用。
在核心生成過程中，Newick 解析、物種清單佈局、成對距離計算和 UPGMA 都在瀏覽器本地運行。預覽或直接下載不會上傳這些輸入。只有明確選擇在 Studio 中打開 SVG 等雲端功能時才會發送資料。
只有當資料符合 UPGMA 的近似恆定速率假設，並且論文對方法做了透明報告時，才適合使用。對發表結論，請驗證比對質量、距離校正、分類單元取樣、分支支持度和模型假設。對複雜進化歷史，最大似然或貝葉斯推斷通常更合適。
