比較三種方法
用單一、完全或平均連結法比較相同資料，再套用方法或匯出比較 CSV。
比較原理
不需重新輸入表格，即可執行單一、完全與平均連結法。比較根高度、相同切割高度下的群集數，以及 cophenetic 相關係數 r，接著將某個方法套用到主樹，或匯出比較 CSV。
cophenetic 相關係數 r 衡量輸入距離與各樣本對首次同群合併高度之間的線性一致程度。距離固定或樣本對太少時，分數會未定義；r 較高不代表群集有效，也不代表切割高度最佳。
使用免費的樹狀圖產生器，對 CSV 表或距離矩陣進行分群，比較各種連結法並查看兩個樣本首次併入同一群集的位置。儲存設定，或匯出 SVG、PNG 與結果 CSV，供報告或統計課程使用。
你的資料，你的方法
計算出的階層
合併高度是在 平均 連結法下衡量 歐幾里得距離。葉節點間距不代表距離。距離相同時，會以節點 ID 做確定性的平手判定。
在切割高度或以下的合併會維持在同一群。高度相同時，可能一次改變多個群組。此切割屬於探索性分析，不是顯著性檢定。
| 節點 | 左 | 右 | 高度 | 樣本 |
|---|---|---|---|---|
| 8 | 0 | 2 | 0.2086 | 2 |
| 9 | 3 | 5 | 0.2282 | 2 |
| 10 | 6 | 7 | 0.3011 | 2 |
| 11 | 8 | 1 | 0.3408 | 3 |
| 12 | 9 | 4 | 0.394 | 3 |
| 13 | 11 | 10 | 2.152 | 5 |
| 14 | 13 | 12 | 3.458 | 8 |
此樹狀圖顯示所選特徵與方法下的相似性。不能用來確定親緣關係、生物學顯著性或最佳群集數。
在相同的所選資料、距離與特徵縮放設定下，執行單一、完全與平均連結法。cophenetic 相關係數 r 會比較輸入距離與每對樣本首次同群時的合併高度。
選擇兩個樣本，比較其輸入距離與所屬群集首次結合的高度。標籤位置相近不一定代表距離較小。
其最小共同群集的成員： Control 1 · Control 3 · Control 2
標示的子樹使用洋紅色；一般群組顏色仍可辨識目前切割。這是在檢查計算出的階層，不代表親緣關係或顯著性。
使用 paper banana，將研究方法、機制與流程轉成清晰的科研圖片。
樹狀圖產生器會將數值觀測值轉成階層式分群的分支圖。每個葉節點代表一個樣本；往根節點移動時，分支會依您的距離量度與連結法所決定的高度合併群集。
這款線上樹狀圖繪製工具會根據你的資料計算合併樹。它會保留高度、樣本標籤與分群成員之間的關聯，讓你能檢查圖形的意義。切割線可選取群組；旋轉版面只會改變樹的繪製方式，不會改變計算結果。
可選擇水平或垂直的矩形版面。不包含 Ward 連結法與環狀版面。樹狀圖會顯示在你設定下的相似性；它不能用來建立演化親緣關係，也不代表統計顯著性。
從樹狀圖到解釋
比較方法、追蹤一對樣本，或儲存您的設定。免費，免登入。
用單一、完全或平均連結法比較相同資料，再套用方法或匯出比較 CSV。
不需重新輸入表格，即可執行單一、完全與平均連結法。比較根高度、相同切割高度下的群集數，以及 cophenetic 相關係數 r，接著將某個方法套用到主樹，或匯出比較 CSV。
cophenetic 相關係數 r 衡量輸入距離與各樣本對首次同群合併高度之間的線性一致程度。距離固定或樣本對太少時，分數會未定義；r 較高不代表群集有效，也不代表切割高度最佳。
查看兩個樣本首次合併的位置，標出其共同群集並匯出這對樣本的詳細資料。
選擇兩個樣本標籤，即可查看其輸入距離、首次同群合併高度、節點 ID，以及兩者最小共同群集的全部成員。檢查這兩個樣本在目前切割高度下是否仍同群，標示子樹，並匯出樣本對檢視 CSV。
檢視器依計算出的階層結構運作，因此兩種版面皆可使用。醒目提示只影響繪圖與圖表匯出，不會改變叢集成員。
將資料和設定保存在單一專案 JSON 中，之後可還原並在瀏覽器中重新計算。
下載單一專案 JSON，內含來源表格、選取特徵、輸入模式、距離度量、連結法、縮放、切分高度、圖表標題、標籤大小與版面。還原此檔案即可驗證輸入，並在瀏覽器中重新計算樹狀圖。
離開頁面前請先儲存：專案不會儲存在帳戶中，也不會自動復原。檔案包含你的來源資料。暫時的檢視器醒目提示不會儲存。
載入完整範例，包含資料與方法。這些合成資料集僅示範工作流程，並非實驗發現。
從樣本到分組
同一棵樹可回答不同問題。請選擇符合預期比較的特徵與預處理方式。
在小型基因表現或檢測表中探索相似性。檢查樣本標籤、選取數值特徵，並決定特徵尺度差異是否應影響距離。僅靠分群無法確立生物學顯著性。
從五個觀測值開始，切換連結法並追蹤合併高度。匯出樹狀圖與合併表，以便在統計作業中說明解題過程。
在形成區隔假設前，先將問卷或購買輪廓分組。單位不同時請標準化特徵，再匯出樣本對應分群的表格以供進一步分析。
讓計算過程可見
分支位置取決於所選方法與資料。請將圖表、設定與匯出結果一併保存。
將樣本放在列、特徵放在欄，並在第一欄填入樣本名稱。貼上試算表或上傳 CSV/TSV，預覽數值並選取要納入的特徵。所選儲存格若有缺漏或非數值，會在計算前標示。
試用樹狀圖產生器單一連結法使用最近的一對，完全連結法使用最遠的一對，平均連結法則以樣本數加權，平均所有跨分群配對。可選擇歐幾里得、曼哈頓或最大距離。特徵 z 分數使用樣本標準差；預先計算的距離則不進行縮放。
試用樹狀圖產生器
移動切割線，查看在該高度下哪些樣本仍歸在一起。相同高度的合併會一併納入。匯出淺色背景的 SVG 或 PNG、包含設定與成員資格的 CSV，以及含節點 ID 與高度的合併表。顏色在八組後重複；請用分組標籤加以區分。
試用樹狀圖產生器三個步驟
將資料貼到樹狀圖產生器，選擇樣本比較方式，然後匯出可檢查的樹狀圖與結果。
樣本放在列、特徵名稱放在標題列、標籤放在第一欄。可從 Excel 貼上或上傳 CSV/TSV。若使用距離，請選擇矩陣模式並提供相符的列與欄名稱。
選取數值特徵、距離、縮放與連結法。產生後，比較合併高度並移動切割線。請查看成員清單，而不是從葉節點間距判讀距離。
切換水平或垂直版面、調整標籤大小，並匯出 SVG 或 PNG。將成員與合併 CSV 檔和你的資料一起保留，作為計算紀錄。
相關工具
若重點是特徵值，可使用熱圖；若任務涉及性狀或提供的系統發生拓撲，則可選用生物學樹狀圖工具。
問題
貼上標題列，第一欄放樣本名稱，其餘欄放數值特徵。樹狀圖產生器接受 Excel 儲存格貼上、CSV、TSV 或 TXT。選取要比較的特徵，然後選擇距離、縮放與連結法。若為 XLSX，請先貼上其儲存格或另存為 CSV。
所有分群、方法比較、配對檢查、專案檔與 SVG/PNG/CSV 匯出皆免費，無需帳號、點數或浮水印。計算在瀏覽器中執行。最多可使用 100 個樣本與 50 個選取的數值特徵，或完整的 100 × 100 距離矩陣。
每個葉節點代表一個樣本；每個分支會在計算出的高度上合併兩個既有分群。在課堂樹狀圖分群範例中，A=0 與 B=1 以單一連結法在高度 1 合併。請從合併高度軸讀取距離，而不是依標籤間距判讀。不同連結法可能產生不同的樹。
分群中的樹狀圖顯示樣本如何結合為巢狀群組。在高度 h 切割會納入高度為 h 或以下的合併；高於此處的連結仍保持分開。移動切割線即可檢查分群成員。同高度的合併可能一次改變多個群組。視覺上的分離並不代表具有統計顯著性。
選擇「距離矩陣」，並提供對稱、非負且對角線為零的方陣，所有列與欄的數值都須填妥。列與欄標籤必須以相同順序對應。樹狀圖產生器會直接使用提供的距離，略過距離度量選擇與特徵縮放。不接受僅有上三角或下三角的矩陣；請先處理缺漏值再進行計算。
產生樹狀圖後，開啟「比較與檢查」，然後選擇「比較 3 種方法」。表格會使用相同的輸入、距離與縮放，比較單一、完整與平均連結法。cophenetic r 衡量與輸入距離的線性一致程度；不能證明群組有效。套用某種方法，或下載比較結果 CSV。
在「比較與檢查」中選取兩個不同樣本。檢查器會報告其輸入距離、第一個共同合併高度、節點 ID、共同分群的完整成員清單，以及在目前切割高度下的關係。可在主圖上醒目標示共同子樹，或下載配對 CSV；醒目標示不會改變已計算的樹與分群成員。
使用「儲存專案 JSON」保留來源表格、選取的特徵、計算設定、切割與版面配置。可還原最大 1 MB 的檔案，之後在本機重新計算；不會自動儲存到帳號。匯出 SVG 或 PNG，並一併保留成員、合併或比較 CSV。專案檔含有你的來源資料。
