学生：形質表の課題を説明する
講義の形質表を貼り付け、外群を選び、各分岐を支える形質を確認してから図を提出します。
Cladogram Makerで、二値形質表をラベル付きのクラドグラム（分岐図）に変換するか、既存のNewickトポロジーを描画します。共有クレードを調べ、形質の整合性を確認し、授業や実験レポート用の図を出力できます。登録は不要です。
形質表からクラドグラムへ
5 分類群
教材モデル：各派生形質は1回だけ生じ、消失はないものとします。形質グループは入れ子か互いに分離している必要があります。これは最節約法や配列解析ではありません。
3本以上の枝への分岐は未解決のままです。枝長は時間や進化的変化を測るものではありません。
強調されるグループは共有ノードに従い、左右の近接や枝長によるものではありません。これは現在のトポロジーを調べるもので、生物学的な根を設定しません。
この形質をもつ分類群: ヤツメウナギ, サメ, カエル, マウス
この形質をもつ分類群: サメ, カエル, マウス
この形質をもつ分類群: カエル, マウス
この形質をもつ分類群: マウス
重複する形質集合の矛盾は見つかりませんでした。これは教材モデルでの形質の整合性を確認するもので、生物学的正確性を検証するものではありません。
paper bananaで、研究方法、メカニズム、ワークフローを分かりやすい科学図にしましょう。
クラドグラム（分岐図）は、分類群間の関係に関する仮説を表す図です。末端は分類群、ノードは仮説上の分岐点を示し、クレードは共通祖先とそのすべての子孫を含みます。共有派生形質は、分類群を同じグループにまとめる根拠の一つです。
Cladogram Makerは、矛盾のない二値形質表を教材用のクラドグラムに変換するか、既存のNewickトポロジーを描画します。ここでは枝長に定量的な意味はありません。生物名の一覧だけでは、進化的関係の根拠にはなりません。
この形質ベースのクラドグラム作成ツールは、共有形質と分岐順序を説明するために使います。定量的な枝長をもつ提供済みの樹形図や、整列済みFASTAの基本的なUPGMA解析には、系統樹ジェネレーターを使用してください。このCladogram Makerの枝長は時間や進化的変化を測るものではありません。
系統樹ジェネレーターを開く脊椎動物、陸上植物、未解決の関係を探索できます。図は概念を説明するもので、各カードはツール内の別々の編集可能な教材行列を読み込みます。
生物学向け
手持ちのデータから説明できる図へ。
講義の形質表を貼り付け、外群を選び、各分岐を支える形質を確認してから図を提出します。
植物のサンプル行列を読み込み、分類群名や形質名を変更して、スライドや配布資料用の明瞭な図をダウンロードします。
自分のNewickトポロジーを持ち込み、きれいなベクター図として出力します。SVGのテキストと分岐はベクター編集ソフトで編集可能なままです。
装飾より根拠
分類群、共有形質、そこから生じるグループをつなげたままにします。
CSVまたはタブ区切りの表計算データを貼り付けます。表エディターで分類群や形質の名前を変更し、0/1状態を切り替え、行や列を追加します。すべて0の外群を選び、樹形図を生成します。
クラドグラム作成ツールを使う行列モードでは、入れ子または分離した派生形質の集合をグループ化します。ラベルと根拠リストに、各形質をもつ分類群が表示されます。重複する非互換な集合では、無理に解決せず有用なエラーを表示します。
クラドグラム作成ツールを使うベクター編集用にSVG、スライド用にPNG、トポロジー交換用にNewick、行列保存用にCSVをダウンロードします。矩形と斜めのレイアウトは描画を変えるもので、関係は変えません。
クラドグラム作成ツールを使う生成した樹形図で任意の2分類群を選択します。インスペクターは、それらの最小共有グループに含まれるすべての子孫と、共有経路上で注釈された派生形質を一覧表示します。クレード強調をオンにすると、画面上の位置が類縁関係を決めない理由を確認できます。
クラドグラム作成ツールを使う整合性レポートは、重複して入れ子にならない形質ペアをすべて見つけ、この教材モデルで矛盾を証明する1/0、1/1、0/1状態をもつ3つの名前付き分類群を示します。証拠行をCSVで出力し、元の表を確認できます。
クラドグラム作成ツールを使う3ステップ
完全な例から始め、自分の講義データに置き換えます。
CSVまたはExcelからコピーした表を貼り付けます。分類群を行、二値形質を列にします。祖先状態を0、派生状態を1として入力し、すべて0の外群を選びます。既知のトポロジーにはNewickに切り替え、樹形図テキストを貼り付けます。
クラドグラムを生成し、形質ラベルを確認します。2つの分類群を選んで調べ、最小共有クレードを強調します。行列が非互換の場合は、名前付き形質ペアと3つの証拠行を確認するか、元データを編集する前に矛盾レポートCSVをダウンロードします。
矩形または斜めの分岐を選び、ラベルサイズを調整します。ベクター編集用にSVG、スライド用にPNGをダウンロードし、トポロジー用にNewick、行列用にCSVを出力します。Newickは個別の形質ラベルやスタイルを保持しません。計算とダウンロードはブラウザ内で実行されます。
その他の生物学・図作成ツール
配列ベースの樹形図、遺伝図、図編集に使える関連ツールを選べます。
始める前の質問
行列からこのクラドグラム作成ツールを使うには、最初の列に分類群名、ヘッダーに形質を置きます。祖先状態を0、派生状態を1として入力し、すべて0の外群を選んで生成します。教材モデルでは各派生形質は一度だけ獲得され、消失は一切ありません。形質グループは入れ子か互いに分離している必要があります。
Excelからヘッダーとデータ行をコピーし、タブ区切り表を入力欄に貼り付けるか、CSVを貼り付けます。各行のセル数は同じにしてください。分類群名と形質名は一意にし、最大30分類群・20二値形質です。ネイティブのXLSXアップロードには対応していません。
自動クラドグラム作成ツールは既知の0/1状態を必要とし、欠損や不確実な観察は生成前に解決する必要があります。入れ子でも分離でもない重複形質グループは、矛盾する形質を示す整合性レポートを生成します。最良の樹形図を推測したり、獲得・消失の繰り返しをモデル化したり、最節約法を実行したりはしません。
単純なクラドグラム作成ツールでも、関係の根拠が必要です。外群を選んだ二値形質行列か、既存のNewickトポロジーです。種名は末端のラベルになりますが、進化的関係を決めることはできません。記録形質が同じ分類群は未解決のまま残ります。まず編集可能な動物または植物の例で入力形式を確認してください。
この無料オンラインクラドグラム作成ツールは、登録・クレジット・透かしなしで、ブラウザ内からSVG、PNG、Newick、行列CSVを出力します。SVGはベクター編集用にテキストと線を保持します。Newickは形質注釈やスタイルではなく、トポロジーとノード名を保存します。別のCSVレポートは両立しない形質の組み合わせを記録します。
定量的な枝長なしで分岐順序と共有形質を示すには、このクラドグラム作成ツールを使います。定量的な枝長が与えられている場合や、整列済みFASTAの基本的なUPGMA解析には、リンク先の系統樹作成ツールを使います。データと手法に応じて選び分けてください。このクラドグラム描画は時間、進化的距離、信頼度を推定しません。
共通クレードの確認欄で異なる2つの末端を選びます。現在のトポロジーにおける最小共有クレードを見つけ、そのすべての子孫を一覧表示し、行列モードでは注釈された共有派生形質を表示します。クレード強調を有効にすると、SVGおよびPNG出力に含まれます。Newickは形質の根拠を提供しません。
両立しない形質の組み合わせごとに、レポートは1/0、1/1、0/1状態をもつ3つの名前付き分類群を示します。これらの証拠行は、単一獲得・消失なしモデルで集合を入れ子にも分離にもできない理由を説明します。CSVをダウンロードして観察を確認してください。ツールがデータを自動変更することはありません。
