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無料の樹形図作成ツール

無料の樹形図作成ツールで CSV 表または距離行列をクラスタリングし、連結法を比較して、2つのサンプルが初めて同じクラスターに入る結合点を確認できます。設定を保存するか、レポートや統計の授業用に SVG、PNG、結果 CSV を書き出せます。

無料 · アカウントもクレジットも不要3 つの連結法を比較同じクラスターに入る結合点を確認プロジェクトを保存・復元

あなたのデータ、あなたの手法

表データからの樹形図計算

ヘッダー行、および最初の列にサンプル名。Excel からセルを貼り付けるか、CSV/TSV を使用してください。最大 100 サンプル、選択した数値特徴量は最大 50 個。欠損値は補完されません。

データプレビュー · 8 サンプル · 4 列
先頭 6 データ行と先頭 6 列
SampleGene AGene BGene CGene D
Control 12.13.28.17.8
Control 22.43.07.98.2
Control 31.93.48.47.5
Treated 18.37.52.13.0
Treated 28.07.92.42.7
Treated 38.67.21.83.2

プレビューには最大 6 行と 6 列が表示されます。選択したデータはすべて使用されます。

数値特徴量を選択

Z スコアは各特徴量に比較可能な尺度を与えます。スケーリングなしでは元の単位が保持されます。目的に合う前処理を選択してください。

クラスタリングプロジェクトを保存

元の表、選択した特徴量、手法、切断、タイトル、レイアウトを1つのJSONファイルとしてダウンロードします。後でここに復元できます。計算はブラウザー内で再実行されます。

ダウンロードしたプロジェクトには入力データが含まれます。アップロードされたりアカウントに保存されたりすることはありません。インスペクターの一時的なハイライトは保存されません。

表、クラスタリング、ダウンロードはこのブラウザー内に留まります。アカウント、クレジット、ウォーターマークはありません。

計算された階層

デンドログラムのプレビューとクラスターのメンバー

確認とダウンロードの準備完了
8
サンプル
4
特徴量
3
カットラインでのクラスター数
樹形図作成ツールの結果: 8 サンプル、平均 連結法、3 クラスター(カット高さ 1.902)

結合高さは平均リンク法におけるユークリッド距離を表します。葉の間隔は距離を表しません。距離が等しい場合はノードIDによる決定的なタイブレークを使用します。

切断高さ以下での結合はまとまりを維持します。同値の高さでは複数のグループが一度に変わる場合があります。切断は探索的なものであり、有意性検定ではありません。

この切断でのクラスターメンバーシップ

  • グループ 1(3)Control 1 · Control 3 · Control 2
  • グループ 2(2)Intermediate 1 · Intermediate 2
  • グループ 3(3)Treated 1 · Treated 3 · Treated 2
全7件の結合を検査
葉は入力順にID 0–7を使用します。結合ノードは8から始まります。CSVには葉のラベルが含まれます。
ノード左右高さサンプル
8020.20862
9350.22822
10670.30112
11810.34083
12940.3943
1311102.1525
1413123.4588

このツリーは選択した特徴量と手法に対する類似性を示します。系統関係、生物学的有意性、最適なクラスター数を確定するものではありません。

リンク法を比較

選択した同じデータ・距離・スケーリングで、単一・完全・平均の各連結法を実行します。コーフェネティック r は、入力距離と、各ペアが初めて同じクラスターに入る結合高さを比較します。

ペアの共通結合を確認

2つのサンプルを選び、入力距離と、それらのクラスターが最初に結合する高さを比較します。ラベルが近いことは必ずしも距離が小さいことを意味しません。

入力ペア距離
0.2384
初めて同じクラスターに入る結合高さ
0.3408
共有ノード / サンプル
11 / 3
現在の切断時
同一

2つのサンプルが共通して属する最小クラスターのメンバー: Control 1 · Control 3 · Control 2

ハイライトされた部分木はマゼンタで表示されます。通常のグループ色は引き続き現在の切断を識別します。これは計算された階層を検査するものであり、系統関係や有意性を示すものではありません。

論文用の科学イラストも必要ですか?

paper bananaで、研究方法、メカニズム、ワークフローを分かりやすい科学図にしましょう。

無料の樹形図作成ツールとは?

樹形図作成ツールは、数値データを階層クラスタリングの分岐図に変換します。各葉はサンプルです。根に向かうにつれて、距離指標と連結法で決まる高さで枝がクラスターを結合します。

このオンラインデンドログラム描画ツールは、データから結合木を計算します。高さ、サンプルラベル、クラスターメンバーを関連付けたままにするため、図の意味を確認できます。切断線でグループを選択でき、レイアウトを回転しても計算結果は変わらず、ツリーの描画方法だけが変わります。

横または縦の矩形レイアウトを選択できます。Ward リンケージと円形レイアウトには対応していません。デンドログラムは設定に基づく類似性を示すもので、進化的系統や統計的有意性を証明するものではありません。

樹形図作成ツールの概念: 結合高さの目盛りの横に、階層ツリーで結合されたサンプルグループ。
概念図です。インタラクティブプレビューと例では、計算された結合高を使用します。

ツリーから説明へ

デンドログラムの連結法を比較

手法を比較し、ペアを追跡し、設定を保存。無料、ログイン不要。

結合位置が異なる3つのデンドログラムの模式図。

3つの連結法を比較

単連結法・完全連結法・平均連結法で同じデータを比較し、手法を適用または比較CSVを書き出す。

比較の仕組み

テーブルを再入力せずに、単一・完全・平均の各連結法を実行します。ルート高さ、同じカットラインでのグループ数、コーフェネティック相関 r を比較し、手法をメインツリーに適用するか、比較 CSV を書き出します。

コーフェネティック r は、入力距離とペアごとの共通結合高さの間の線形一致度を測ります。距離が一定の場合やペアが少なすぎる場合はスコアが未定義になります。r が高いことは、有効なグループや最適なカットラインを証明するものではありません。

2つのサンプルが最初に同じクラスターに入る結合箇所を強調した模式図。

2つのサンプルを追跡

2つのサンプルが最初に結合する位置を確認し、共通クラスターを強調してペアの詳細を書き出す。

インスペクターの表示内容

2つのサンプルラベルを選ぶと、入力距離、初めて同じクラスターに入る結合高さ、ノード ID、および共通する最小クラスターの全メンバーを確認できます。現在のカットラインで2つが同じクラスターに留まるかを確認し、サブツリーを強調して、ペア確認用 CSV を書き出します。

インスペクターは計算された階層に従うため、どちらのレイアウトでも機能します。ハイライトは描画と図のエクスポートに影響しますが、クラスタのメンバーシップは変わりません。

データ、樹形図、解析設定を保持するフォルダーの模式図。

設定を保存

データと設定を1つのプロジェクトJSONに保存。後で読み込むとブラウザーで再計算できます。

プロジェクトに保存される内容

ソーステーブル、選択した特徴量、入力モード、距離指標、リンケージ、スケーリング、カット高さ、図のタイトル、ラベルサイズ、レイアウトを含む1つのプロジェクト JSON をダウンロードします。ファイルを復元して入力を検証し、ブラウザ内でツリーを再計算します。

ページを離れる前に保存してください。プロジェクトはアカウントに保存されたり、自動的に復元されたりしません。ファイルにはソースデータが含まれます。一時的なインスペクターのハイライトは保存されません。

樹形図作成ツールを無料で試す

階層クラスタリングのデンドログラム例を見る

データと手法を含む完全な例を読み込みます。これらの合成データセットはワークフローを示すものであり、実験結果ではありません。

サンプルからグループへ

生物学・教育・データ分析におけるデンドログラムの活用

同じ樹でも異なる問いに答えられます。意図する比較に合った特徴量と前処理を選びましょう。

8 つの合成研究サンプルに対する平均連結の計算済みデンドログラム。

研究者向け: 遺伝子発現サンプルプロファイルを比較

小さな遺伝子発現表またはアッセイ表で類似性を調べます。サンプルラベルを確認し、数値特徴量を選択し、特徴量スケールの違いを距離に反映させるかを決めます。クラスタリングだけでは生物学的意義は確立されません。

実際の単連結の結合高を用いた 5 観測値の教育用デンドログラム。

学生向け: 統計課題でクラスタリングを説明

5 つの観測値から始め、連結法を変更して結合高を追います。樹と結合表をエクスポートして、統計課題で自分の計算過程を説明しましょう。

合成顧客プロファイルの完全連結デンドログラム。

アナリスト向け: 調査と顧客プロファイルを探索

セグメントに関する仮説を立てる前に、調査または購入プロファイルをグループ化します。単位が異なる場合は特徴量を標準化し、さらなる分析用にサンプル対クラスター表をエクスポートします。

計算を可視化する

樹形図のクラスタリングと枝の高さを理解する

枝の位置は選択した手法とデータに基づきます。図、設定、エクスポートした結果をまとめて保管しましょう。

CSV または Excel から貼り付けたデータでデンドログラムを作成

サンプルを行に、特徴量を列に配置し、サンプル名を最初の列に入れます。スプレッドシートの表を貼り付けるか CSV/TSV をアップロードし、値をプレビューして含める特徴量を選択します。選択したセルに欠損値や非数値がある場合は計算前に警告されます。

樹形図作成ツールを試す
4 つの数値特徴量から計算した研究サンプルのデンドログラム。

研究レポート用に距離と連結法を比較

単連結は最近傍ペアを、完全連結は最遠ペアを、平均連結はサンプル数で重み付けしてクラスター間のすべてのペアを平均します。ユークリッド、マンハッタン、最大距離から選択できます。特徴量の z スコアはサンプル標準偏差を使用し、事前計算済み距離ではスケーリングは行われません。

樹形図作成ツールを試す
対称な事前計算済み距離行列から計算した樹。

論文または統計課題用にクラスターメンバーをエクスポート

カット線を動かして、その高さで一緒に残るサンプルを確認します。同じ高さの結合はまとめて含まれます。明るい背景の SVG または PNG、設定を含むメンバーシップ CSV、ノード ID と高さを含む結合表をエクスポートできます。色は 8 グループ後に繰り返されるため、グループラベルで区別してください。

樹形図作成ツールを試す
選択したカット高より下のグループを色分けしたプロファイルのデンドログラム。

3 つのステップ

データからオンラインで樹形図を描く方法

樹形図作成ツールにデータを貼り付け、サンプルの比較方法を選択して、確認できる樹形図と結果を書き出します。

  1. ラベル付き数値入力の確認に使う、8 サンプルの樹形図作成ツール例。

    01表を貼り付けるか、距離行列を読み込む

    行にサンプル、ヘッダーに特徴量名、1列目にラベルを配置します。Excel から貼り付けるか、CSV/TSV をアップロードします。距離の場合は行列モードを選択し、一致する行名と列名を指定します。

  2. 樹形図作成ツールで結合高さを確認するための、5 サンプルのクラスタリング例。

    02手法を選び、樹形図を読み取る

    数値特徴量、距離、スケーリング、連結法を選択します。生成後に結合高さを比較し、カットラインを動かします。葉の間隔から距離を読むのではなく、メンバーリストを確認します。

  3. 樹形図作成ツールの書き出し手順で用いる、色分けクラスター付き顧客プロファイルのデンドログラム。

    03図と結果をダウンロード

    水平または垂直レイアウトに切り替え、ラベルサイズを調整して SVG または PNG を書き出します。計算記録として、メンバーシップ CSV と結合 CSV をデータと一緒に保管してください。

樹形図作成ツールを無料で試す

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カテゴリ別の科学用カラーパレット。

科学用カラーパレット生成ツール

質問

樹形図作成ツールのよくある質問

Excel または CSV データでオンラインの樹形図作成ツールを使うには?+

ヘッダー行を貼り付け、1列目にサンプル名、残りの列に数値特徴量を入力します。樹形図作成ツールは Excel のセル貼り付け、CSV、TSV、TXT に対応しています。比較する特徴量を選択し、距離、スケーリング、連結法を選びます。XLSX の場合はセルを貼り付けるか、先に CSV として保存してください。

このオンライン樹形図作成ツールは、サインアップなしで無料で使えますか?+

すべてのクラスタリング、手法比較、ペア検査、プロジェクトファイル、SVG/PNG/CSV 書き出しは、アカウント、クレジット、透かしなしで無料です。計算はブラウザー内で実行されます。最大 100 サンプルと選択した数値特徴量 50 個、または完全な 100 × 100 距離行列を使用できます。

階層クラスタリングのデンドログラム例では何が示されますか?+

各葉はサンプルを表し、各枝は計算された高さで既存の2つのクラスターを結合します。教室用のデンドログラムクラスタリング例では、A=0 と B=1 が単連結法で高さ 1 で結合します。距離はラベル間の間隔ではなく、結合高さの軸から読み取ります。異なる連結法では異なる樹形が得られることがあります。

クラスタリングにおけるデンドログラムとは何ですか?カット高さはどう選びますか?+

クラスタリングのデンドログラムは、サンプルが入れ子状のグループに結合する様子を示します。高さ h でのカットには、h 以下での結合が含まれ、それより上の接続は別々のままです。カットラインを動かしてクラスターのメンバーを確認します。同じ高さの結合では、複数のグループが一度に変わることがあります。視覚的な分離は統計的有意性を示すものではありません。

この樹形図作成ツールは距離行列で使用できますか?+

「距離行列」を選択し、対角要素がゼロの完全な対称・非負の正方行列を指定します。行と列のラベルは同じ順序で一致している必要があります。樹形図作成ツールは指定された距離を直接使用し、距離指標の選択と特徴量のスケーリングは行いません。三角行列のみは受け付けられません。計算前に欠損値を処理してください。

樹形図の連結法とコフェネティック相関を比較するには?+

デンドログラムを生成した後に「比較と検査」を開き、「3 手法を比較」を選択します。表では、同じ入力、距離、スケーリングを使用して単連結、完全連結、平均連結を比較します。コフェネティック r は入力距離との線形一致度を測りますが、有効なグループを証明するものではありません。手法を適用するか、比較 CSV をダウンロードします。

樹形図で2つのサンプルが初めて同じクラスターに入る結合点を確認するには?+

「比較と検査」で異なる2つのサンプルを選択します。検査ツールは、入力距離、最初に共有する結合高さ、ノード ID、共有クラスターの完全なメンバーシップ、現在のカットでの関係を表示します。メイン図で共有サブツリーを強調表示するか、ペア CSV をダウンロードします。強調表示しても、計算された樹形とクラスターメンバーシップは変わりません。

この樹形図作成ツールでプロジェクトを保存し、SVG、PNG、CSV を書き出すには?+

「プロジェクト JSON を保存」を使用して、元の表、選択した特徴量、計算設定、カット、レイアウトを保持します。最大 1 MB のファイルを復元して、後でローカルに再計算できます。アカウントへの自動保存はありません。SVG または PNG を書き出し、メンバーシップ、結合、比較の CSV を一緒に保管してください。プロジェクトファイルには元データが含まれます。

データから始める

説明できる樹形図を作成

サンプル表を読み込むか自分のデータを貼り付け、結合高さを比較して結果をダウンロードします。無料・オンラインで、アカウントなしですぐに利用できます。

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